scieditorScience Editor and PublisherНаучный редактор и издатель2542-02672541-8122АНРИ10.24069/SEP-24-01scieditor-398Research ArticleACADEMIC WRITINGАКАДЕМИЧЕСКОЕ ПИСЬМОDialogues on statistics in scientific publicationsДиалоги о статистике в научных публикацияхhttps://orcid.org/0000-0001-6435-7218Хромов-БорисовН. Н.Khromov-BorisovN. N.

Никита Николаевич Хромов-Борисов, кандидат биологических наук, старший научный сотрудник, член Комиссии по борьбе с лженаукой Экспертного совета РАН

г. Санкт-Петербург

Nikita N. Khromov-Borisov, Cand. Sci. (Biol.), member of the Commission for Combating Pseudoscience of the Expert Council of the Russian Academy of Sciences

St. Petersburg

Nikita.KhromovBorisov@gmail.comКомиссия по борьбе с лженаукой Экспертного совета РАНРоссияCommission for Combating Pseudoscience of the Expert Council of the Russian Academy of SciencesRussian Federation20242706202491Supplement 115132Copyright © Khromov-Borisov N.N., 20242024Хромов-Борисов Н.Н.Khromov-Borisov N.N.Данная работа распространяется под лицензией Creative Commons Attribution 4.0.This work is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 License.https://www.scieditor.ru/jour/article/view/398

A critical analysis of the article by S. V. Mylnikov (Scientific Editor and Publisher. 2023;8(1 Suppl):S52–S61) in the form of a correspondence dialogue is conducted. Aspects such as frequentist and Bayesian point and interval estimation of the parameters of binomial and polynomial distributions, linear correlation coefficient (r), coefficient of determination (R2), linear regression parameters, difference (PD) and proportion ratio (RR), odds ratio (OR), estimation of minimum required sample sizes, advantages of statistical estimation based on bootstrap, random number generator, graphical methods of statistical analysis: décolleté and whisker boxes, probability plots, histograms, Gardner-Altman plots, rain clouds, corrections for multiple comparisons, complexities of correlation analysis, effect size, replication probabilities (prep, psrep and prerep), mid-p values, prediction intervals for p values, for effect sizes, and for combined effects in meta-analysis. A description of the programs recommended for solving the discussed statistical problems is presented.

Проведен критический разбор статьи С. В. Мыльникова (Научный редактор и издатель. 2023;8(1 Suppl):S52–S61) в форме заочного диалога. Обсуждены такие аспекты, как частотнические и бейзовские точечные и интервальные оценки параметров биномиального и полиномиального распределений; коэффициента линейной корреляции (r); коэффициента детерминации (R2); параметров линейной регрессии; разности (PD) и отношения долей (RR); отношения шансов (OR); оценки минимально необходимых объемов выборок; преимущества статистического оценивания на основе бутстрепа; генератор случайных чисел; графические методы статистического анализа: коробы с декольте и с усами, вероятностные графики, гистограммы, графики Гарднера-Олтмена, дождевые облака; поправки на множественность сравнений; сложности корреляционного анализа; размер эффекта; вероятности воспроизведения (prep, psrep и prerep); значения mid-p; предсказательные интервалы для pзначений, для размеров эффекта и для суммарных эффектов в метаанализе. Представлено описание программ, рекомендуемых для решения обсуждаемых статистических задач

статистикадоверительные интервалыпредсказательные интервалыпрограмное обеспечение статистического анализабутстрепграфические методыstatisticsconfidence intervalspredictive intervalsstatistical analysis softwarebootstrapgraphical methodsReferencesCumming G., Calin-Jageman R. Introduction to the New Statistics Estimation, Open Science, and Beyond. 2nd ed. Routledge; 2024. 610 p. https://doi.org/10.4324/9781032689470Cumming G., Calin-Jageman R. Introduction to the New Statistics Estimation, Open Science, and Beyond. 2nd ed. Routledge; 2024. 610 p. https://doi.org/10.4324/9781032689470Hopkins W. A new view of statistics. 2014. Available at: https://complementarytraining.net/wp-content/uploads/2013/10/Will-Hopkins-A-New-View-of-Statistics.pdf (accessed: 27.01.2024).Hopkins W. A new view of statistics. 2014. Available at: https://complementarytraining.net/wp-content/uploads/2013/10/Will-Hopkins-A-New-View-of-Statistics.pdf (accessed: 27.01.2024).Мыльников С. В. Доверительные интервалы и точное значение p в научной статье в медико-биологическом журнале. Научный редактор и издатель. 2023;8(1 Suppl):S52–S61. https://doi.org/10.24069/SEP-23-13Mylnikov S. V. Confidence intervals and precise p-value in a scientific paper in a biomedical journal. Science Editor and Publisher. 2023;8(1 Suppl):S52–S61. (In Russ.) https://doi.org/10.24069/SEP-23-13Halverson M. S., Bolnick D. A. An ancient DNA test of a founder effect in Native American ABO blood group frequencies. American Journal of Physical Anthropology. 2008;137(3):342–347. https://doi.org/10.1002/ajpa.20887Halverson M. S., Bolnick D. A. An ancient DNA test of a founder effect in Native American ABO blood group frequencies. American Journal of Physical Anthropology. 2008;137(3):342–347. https://doi.org/10.1002/ajpa.20887Clopper C. J., Pearson E. S. The use of confidence or fiducial limits illustrated in the case of the binomial. Biometrika. 1934;26(4):404–413. https://doi.org/10.1093/biomet/26.4.404Clopper C. J., Pearson E. S. The use of confidence or fiducial limits illustrated in the case of the binomial. Biometrika. 1934;26(4):404–413. https://doi.org/10.1093/biomet/26.4.404Глотов Н. В., Животовский Л. А., Хованов Н. В., Хромов-Борисов Н. Н. Биометрия. Л.: Изд-во ЛГУ; 1982. 263 с.Глотов Н. В., Животовский Л. А., Хованов Н. В., Хромов-Борисов Н. Н. Биометрия. Л.: Изд-во ЛГУ; 1982. 263 с.Khurshid A., Ageel M. I. Binomial and Poisson confidence intervals and its variants: A bibliography. Pakistan Journal of Statistics and Operation Research. 2010;6(1):75–100. https://doi.org/10.18187/pjsor.v6i1.139Khurshid A., Ageel M. I. Binomial and Poisson confidence intervals and its variants: A bibliography. Pakistan Journal of Statistics and Operation Research. 2010;6(1):75–100. https://doi.org/10.18187/pjsor.v6i1.139Мыльников С. В. Азы биометрии. СПб.: Издательство Н-Л; 2007. 56 с.Мыльников С. В. Азы биометрии. СПб.: Издательство Н-Л; 2007. 56 с.Haynes A. G., Lenz A., Stalder O., Limacher A. presize: An R-package for precision-based sample size calculation in clinical research. Journal of Open Source Software. 2021;6(60):3118. https://doi.org/10.21105/joss.03118Haynes A. G., Lenz A., Stalder O., Limacher A. presize: An R-package for precision-based sample size calculation in clinical research. Journal of Open Source Software. 2021;6(60):3118. https://doi.org/10.21105/joss.03118Hammer Ø., Harper D. A. T., Ryan P. D. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica. 2001;4(1):4. Available at: http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm (accessed: 27.01.2024).Hammer Ø., Harper D. A. T., Ryan P. D. PAST: Paleontological statistics software package for education and data analysis. Palaeontologia Electronica. 2001;4(1):4. Available at: http://palaeo-electronica.org/2001_1/past/issue1_01.htm (accessed: 27.01.2024).Закс Л. Статистическое оценивание [Ю. П. Адлер, В. Г. Горкий (ред.); В. Н. Варыгин (пер.)]. М.: Статистика; 1976. 598 с.Закс Л. Статистическое оценивание [Ю. П. Адлер, В. Г. Горкий (ред.); В. Н. Варыгин (пер.)]. М.: Статистика; 1976. 598 с.Sachs L. Applied Statistics. A Handbook of Techniques. 2nd ed. New York: Springer; 1984. 707 p.Sachs L. Applied Statistics. A Handbook of Techniques. 2nd ed. New York: Springer; 1984. 707 p.Spitzer M., Wildenhain J., Rappsilber J., Tyers M. BoxPlotR: a web tool for generation of box plots. Nature Methods. 2014;11(2):121–122. https://doi.org/10.1038/nmeth.2811Spitzer M., Wildenhain J., Rappsilber J., Tyers M. BoxPlotR: a web tool for generation of box plots. Nature Methods. 2014;11(2):121–122. https://doi.org/10.1038/nmeth.2811Ho J., Tumkaya T., Aryal S., Choi H., Claridge-Chang A. Moving beyond P values: Data analysis with estimation graphics. Nature Methods. 2019;16(7):565–566. https://doi.org/10.1038/s41592-019-0470-3Ho J., Tumkaya T., Aryal S., Choi H., Claridge-Chang A. Moving beyond P values: Data analysis with estimation graphics. Nature Methods. 2019;16(7):565–566. https://doi.org/10.1038/s41592-019-0470-3Allen M., Poggiali D., Whitaker K., Marshall T. R., van Langen J., Kievit R. A. Raincloud plots: a multiplatform tool for robust data visualization [version 2; peer review: 2 approved] Wellcome Open Research. 2021;4:63. https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15191.2Allen M., Poggiali D., Whitaker K., Marshall T. R., van Langen J., Kievit R. A. Raincloud plots: a multiplatform tool for robust data visualization [version 2; peer review: 2 approved] Wellcome Open Research. 2021;4:63. https://doi.org/10.12688/wellcomeopenres.15191.2JASP Team 2023. JASP (version 0.18.1). [Computes software]JASP Team 2023. JASP (version 0.18.1). [Computes software]Louis T. A., Zeger S. L. Effective communication of standard errors and confidence intervals. Biostatistics. 2009;10(1):1–2. https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxn014Louis T. A., Zeger S. L. Effective communication of standard errors and confidence intervals. Biostatistics. 2009;10(1):1–2. https://doi.org/10.1093/biostatistics/kxn014Мыльников С. В., Павлова Н. В., Барабанова Л. В. Антимутагенные эффекты синтетического пептида эпиталона у мышей, Mus musculus, различающихся по окраске шерсти. Экологическая генетика. 2011;9(3):75–88. https://doi.org/10.17816/ecogen9375-88Mylnikov S. V., Pavlova N. V., Barabanova L. V. Anti-mutagenic action of synthetic “epitalon” peptide in mice with different body colour. Ecological Genetics. 2011;9(3):75–88. (In Russ.) https://doi.org/10.17816/ecogen9375-88Глотов Н. В., Филатов А. А., Хромов-Борисов Н. Н. Сборник задач по биометрии. Л.: Изд-во ЛГУ; 1985. 81 с.Глотов Н. В., Филатов А. А., Хромов-Борисов Н. Н. Сборник задач по биометрии. Л.: Изд-во ЛГУ; 1985. 81 с.Мыльников С. В. Зависимость дисперсии выживаемости от возраста когорты у Drosophila melanogaster. Сообщение 1: Норма реакции выживаемости и ее наследование. Успехи геронтологии. 2018;31(3):323–329.Mylnikov S. V. Regression of survivability variance on the cohort age in Drosophila melanogaster. I. survivability: reaction norm and its inheritance. Advances in Gerontology. 2018;8(4):277–283. https://doi.org/10.1134/S2079057018040112Sullivan G. M., Feinn R. S. Facts and fictions about handling multiple comparisons. Journal of Graduate Medical Education. 2021;13(4):457–460. https://doi.org/10.4300/JGME-D-21-00599.1Sullivan G. M., Feinn R. S. Facts and fictions about handling multiple comparisons. Journal of Graduate Medical Education. 2021;13(4):457–460. https://doi.org/10.4300/JGME-D-21-00599.1Bonett D. G., Wright T. A. Sample size requirements for estimating Pearson, Kendall, and Spearman correlations. Psychometrika. 2000;65(1):23–28. https://doi.org/10.1007/BF02294183Bonett D. G., Wright T. A. Sample size requirements for estimating Pearson, Kendall, and Spearman correlations. Psychometrika. 2000;65(1):23–28. https://doi.org/10.1007/BF02294183Gnambs T. A brief note on the standard error of the Pearson correlation. Collabra: Psychology. 2023;9(1):87615. https://doi.org/10.1525/collabra.87615Gnambs T. A brief note on the standard error of the Pearson correlation. Collabra: Psychology. 2023;9(1):87615. https://doi.org/10.1525/collabra.87615Федорова Е. М., Мыльников С. В. Нелегкий путь к диплому. СПб.: Изд-во Н-Л; 2012. 100 с.Федорова Е. М., Мыльников С. В. Нелегкий путь к диплому. СПб.: Изд-во Н-Л; 2012. 100 с.Killeen P. R. An alternative to null hypothesis significance tests. Psychological Science. 2005;16(5):345–353. https://doi.org/10.1111/j.0956-7976.2005.01538.xKilleen P. R. An alternative to null hypothesis significance tests. Psychological Science. 2005;16(5):345–353. https://doi.org/10.1111/j.0956-7976.2005.01538.xLazzeroni L. C., Lu Y., Belitskaya-Lévy I. Solutions for quantifying P-value uncertainty and replication power. Nature Methods. 2016;13(2):107–108. https://doi.org/10.1038/nmeth.3741Lazzeroni L. C., Lu Y., Belitskaya-Lévy I. Solutions for quantifying P-value uncertainty and replication power. Nature Methods. 2016;13(2):107–108. https://doi.org/10.1038/nmeth.3741Berry D. A p-value to die for. Journal of the American Statistical Association. 2017;112(519):895–897. https://doi.org/10.1080/01621459.2017.1316279Berry D. A p-value to die for. Journal of the American Statistical Association. 2017;112(519):895–897. https://doi.org/10.1080/01621459.2017.1316279Campbell J. P. Editorial: Some remarks from the outgoing editor. Journal of Applied Psychology. 1982;67(6):691–700. https://doi.org/10.1037/h0077946Campbell J. P. Editorial: Some remarks from the outgoing editor. Journal of Applied Psychology. 1982;67(6):691–700. https://doi.org/10.1037/h0077946Geffré A., Concordet D., Braun J. P., Trumel C. Reference Value Advisor: A new freeware set of macroinstructions to calculate reference intervals with Microsoft Excel. Veterinary Clinical Pathology. 2011;40(1):107–112. https://doi.org/10.1111/j.1939-165X.2011.00287.xGeffré A., Concordet D., Braun J. P., Trumel C. Reference Value Advisor: A new freeware set of macroinstructions to calculate reference intervals with Microsoft Excel. Veterinary Clinical Pathology. 2011;40(1):107–112. https://doi.org/10.1111/j.1939-165X.2011.00287.xBornstein M. Common mistakes in meta-analysis and how to avoid them. Biostat, Inc. 2019. 409 p. Available at: https://meta-analysis.com/#downloadBookAndPaper (accessed: 27.01.2024).Bornstein M. Common mistakes in meta-analysis and how to avoid them. Biostat, Inc. 2019. 409 p. Available at: https://meta-analysis.com/#downloadBookAndPaper (accessed: 27.01.2024).Suurmond R., van Rhee H., Hak T. Introduction, comparison, and validation of Meta-Essentials: A free and simple tool for meta-analysis. Research Synthesis Methods. 2017;8(4):537–553. https://doi.org/10.1002/jrsm.1260Suurmond R., van Rhee H., Hak T. Introduction, comparison, and validation of Meta-Essentials: A free and simple tool for meta-analysis. Research Synthesis Methods. 2017;8(4):537–553. https://doi.org/10.1002/jrsm.1260Borenstein M., Higgins J. P., Hedges L. V., Rothstein H. R. Basics of meta-analysis: I2 is not an absolute measure of heterogeneity. Research Synthesis Methods. 2017;8(1):5–18. https://doi.org/10.1002/jrsm.1230Borenstein M., Higgins J. P., Hedges L. V., Rothstein H. R. Basics of meta-analysis: I2 is not an absolute measure of heterogeneity. Research Synthesis Methods. 2017;8(1):5–18. https://doi.org/10.1002/jrsm.1230Фишер Р. А. Математика дамы, дегустирующей чай. В кн.: Современные проблемы математики: сб. ст. М.: Знание; 1981. С. 46–58.Фишер Р. А. Математика дамы, дегустирующей чай. В кн.: Современные проблемы математики: сб. ст. М.: Знание; 1981. С. 46–58.Cohen J. Things I have learned (so far). American Psychologist. 1990;45(12):1304–1312. https://doi.org/10.1037/0003-066X.45.12.1304Cohen J. Things I have learned (so far). American Psychologist. 1990;45(12):1304–1312. https://doi.org/10.1037/0003-066X.45.12.1304Хромов-Борисов Н. Н. Табличная форма описания статистических методов и программ в научных публикациях. Научный редактор и издатель. 2022;7(2)6:182–184. https://doi.org/10.24069/SEP-22-40Khromov-Borisov N. N. Tabular form of description of statistical methods and programs in scientific publications. Science Editor and Publisher. 2022;7(2):182–184. (In Russ.) https://doi.org/10.24069/SEP-22-40

The authors declare that there are no conflicts of interest present.